bit-MAP®受託サービス
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バイオインフォマティクス解析

微生物ゲノムに特化したデータ処理によって系統解析や機能解析ができます。


バイオインフォマティクス解析の特徴

  • 微生物ゲノムの各種解析を提供
  • シングルセルゲノムに特化した独自技術ccSAGによって、ゲノム情報を高品質化
  • シングルセルゲノムとメタゲノムデータの統合解析によって、より詳細な解析を実現

サービス概要

当社では、微生物ゲノムに特化したバイオインフォマティクス解析技術を保有しています。
シングルセルゲノム、ショットガンメタゲノムに加えて、それらを統合した解析サービスを提供しております。

シングルセルゲノム解析

ccSAG解析
弊社独自のシングルセルゲノムデータに特化した解析手法で、SAGキメラ除去・同一株SAG統合により、ゲノム情報を高品質化します。さらに、得られたゲノム情報 (ccSAG) について、生物種推定及び遺伝子予測を行います。
系統樹解析
複数のゲノム配列の系統関係を推定します。
生合成遺伝子クラスター解析
シングルセルゲノムコンティグからAntiSMASH(ソフトウェア)を用いて、生合成遺伝子クラスターを探索します。
抗生物質耐性遺伝子解析
シングルセルゲノムコンティグからABRicate(ソフトウェア)などを用いて、抗生物質耐性遺伝子を探索します。

ショットガンメタゲノム解析

メタゲノム解析
生リードのアッセンブル、細菌叢プロファイル推定、全遺伝子推定を行います。
MAG解析
生リードのアッセンブル後、配列断片のビニング (ゲノムの再構築) を行い、MAG (Metagenome Assembled Genome) を構築します。さらに、MAGの生物種推定及び遺伝子予測を行います。
生合成遺伝子クラスター解析
メタゲノムリードからAntiSMASH(ソフトウェア)を用いて、生合成遺伝子クラスターを探索します。
抗生物質耐性遺伝子解析
メタゲノムリードからABRicate(ソフトウェア)などを用いて、抗生物質耐性遺伝子を探索します。

SAG-MAG統合解析

弊社が独自に解析したシングルセルゲノム解析結果とショットガンメタゲノム解析結果の統合解析手法を用いて、微生物ゲノム情報を高品質化します。さらに、得られたゲノム情報について、生物種推定及び遺伝子予測を行います 。

解析メニュー(オプション解析)・料金

ご要望に合わせて幅広い解析オプションを準備しております。
複数サンプルの場合は割引もございますので、お問い合わせ下さい。

シングルセルゲノム解析・ショットガンメタゲノム解析共通

解析メニュー 概要 納品物 発注可能
単位
単価 (税抜)
オプション基本料金 オプション解析を1項目以上実施する際に
発生する基本料金
1発注 100,000円
SAG-MAG
統合解析
シングルセルゲノムとメタゲノムを統合し、
より高品質なドラフトゲノムを構築
・統合解析
・ドラフトゲノム品質評価
・生物種推定
・遺伝子推定
・解析レポート
・ドラフトゲノム配列
・遺伝子塩基配列
・遺伝子アミノ酸配列
・遺伝子一覧表
1サンプル 100,000円

シングルセルゲノム解析

解析メニュー 概要 納品物 発注可能
単位
単価 (税抜)
ccSAG解析 同一株のSAGを統合し、
冗長性のないドラフトゲノムを作成
・同一株の同定
・キメラリード除去
・アセンブル
・ドラフトゲノム品質評価
・生物種推定
・遺伝子推定
・解析レポート
・ドラフトゲノム配列
・遺伝子塩基配列
・遺伝子アミノ酸配列
・遺伝子一覧表
1サンプル 100,000円
系統樹解析 ・複数のゲノム配列の系統関係の推定 ・系統樹図 1サンプル 100,000円
生合成遺伝子
クラスター解析
・生合成遺伝子クラスターのアノテーション ・アノテーション結果一覧表 1サンプル 100,000円
抗生物質耐性
遺伝子解析
・抗生物質耐性遺伝子のアノテーション ・アノテーション結果一覧表 1サンプル 100,000円

ショットガンメタゲノム解析

解析メニュー 概要 納品物 発注可能
単位
単価 (税抜)
メタゲノム解析
(菌叢プロファイリング等)
メタゲノムの全容解析
・アセンブル
・遺伝子推定
・細菌叢プロファイル推定
・アセンブル塩基配列
・遺伝子塩基配列
・遺伝子アミノ酸配列
・遺伝子一覧表
・細菌叢プロファイル
8サンプル 100,000円
MAG解析 メタゲノムアセンブル塩基配列を分別して、
ドラフトゲノム配列を構築
・アセンブル
・配列断片のビニング
・ドラフトゲノム品質評価
・微生物系統解析
・遺伝子推定
・ドラフトゲノム配列
・遺伝子塩基配列
・遺伝子アミノ酸配列
・遺伝子一覧表
8サンプル 100,000円
生合成遺伝子
クラスター解析
・生合成遺伝子クラスターのアノテーション ・アノテーション結果一覧表 8サンプル 100,000円
抗生物質耐性
遺伝子解析
・抗生物質耐性遺伝子のアノテーション ・アノテーション結果一覧表 8サンプル 100,000円