農研機構・東北大学・愛媛大学とbitBiomeの共同研究グループより、論文”Single-cell genomics of single soil aggregates: methodological assessment and potential implications with a focus on nitrogen metabolism”が公開されました。
土壌の団粒には多様な微生物が生息しており生化学的な循環を担っていますが、細胞抽出法はあまり研究が進んでいませんでした。そこで本研究では微生物シングルセルゲノム解析に最適な抽出法を目的に解析を実施しました。
本論文では６つの土壌に対し、サンプル処理法を比較し、最適なサンプル処理法を提唱しています。また土壌微粒子からのシングルセルゲノム解析により、窒素循環に関わる機能遺伝子を持つ微生物を解明しました。
更に従来のショットガンメタゲノム解析では見落とされがちな希少菌や団粒内部の微生物もシングルセルで個別に捉えることができ、微生物の機能と分類を1細胞単位で明確に結びつけることが可能となりました。
＜掲載論文＞
雑誌名：Frontiers in Microbiology
論文名：Single-cell genomics of single soil aggregates: methodological assessment and potential implications with a focus on nitrogen metabolism
主な著者（所属）：Emi Matsumura1 *, Hiromi Kato2 , Shintaro Hara1 , Tsubasa Ohbayashi1 , Koji Ito1 , Ryo Shingubara3 , Tomoya Kawakami1 , Satoshi Mitsunobu4 , Tatsuya Saeki5 , Soichiro Tsuda5 , Kiwamu Minamisawa2 and Rota Wagai1 *
1. Institute for Agro-Environmental Sciences (NIAES), National Agriculture and Food Research Organization (NARO), Tsukuba, Japan,
2. Graduate School of Life Science, Tohoku University, Sendai, Japan,
3. Research Center for Advanced Analysis (NAAC), National Agriculture and Food Research Organization (NARO), Sendai, Japan,
4. Graduate School of Agriculture, Ehime University, Matsuyama, Japan,
5. bitBiome Inc., Tokyo, Japan
掲載日：2025年4月7日
DOI: https://doi.org/10.3389/fmicb.2025.1557188