1
解析内容
1.1
解析サンプル情報
1.2
変動遺伝子解析パターン
1.3
解析結果概要
1.3.1
リード品質
1.3.2
遺伝子数
2
品質管理
2.1
General statistics
2.2
リード品質（FASTQC）
2.2.1
Sequence Counts
2.2.2
Sequence Quality Histograms
2.2.3
Per Sequence Quality Scores
2.2.4
Per Sequence GC Content
2.2.5
Per Base N Content
2.2.6
Sequence Length Distribution
2.2.7
Adapter Content
2.2.8
Status Checks
2.3
リードトリミング、フィルタリング（FASTP）
2.3.1
Filtered Reads
2.3.2
Insert Sizes
2.3.3
Sequence Quality
2.3.4
GC content
2.3.5
N content
2.4
リードマッピング（HISAT2）
2.5
リードカウント（featureCounts）
3
遺伝子発現解析
3.1
human
3.1.1
リードカウントデータ
3.1.2
遺伝子数
3.1.3
遺伝子リード数
3.1.4
主成分分析
3.1.5
相関分析
3.1.6
クラスタリング
4
変動遺伝子解析
4.1
B vs A
4.1.1
変動遺伝子解析
4.1.2
MA plot
4.1.3
Volcano plot
4.1.4
クラスタリング解析
4.1.5
GO 解析
4.1.6
Pathway 解析
4.2
D vs C
4.2.1
変動遺伝子解析
4.2.2
MA plot
4.2.3
Volcano plot
4.2.4
クラスタリング解析
4.2.5
GO 解析
4.2.6
Pathway 解析
5
ドキュメント
RNAseq
4
変動遺伝子解析
Pattern01: B vs A
Pattern02: D vs C