2 品質管理

2.1 General statistics

2.2 リード品質（FASTQC）

2.2.1 Sequence Counts

2.2.2 Sequence Quality Histograms

2.2.3 Per Sequence Quality Scores

2.2.4 Per Sequence GC Content

2.2.5 Per Base N Content

2.2.6 Sequence Length Distribution

2.2.7 Adapter Content

2.2.8 Status Checks

2.3 リードトリミング、フィルタリング（FASTP）

2.3.1 Filtered Reads

2.3.2 Insert Sizes

2.3.3 Sequence Quality

2.3.4 GC content

2.3.5 N content

2.4 リードマッピング（HISAT2）

2.5 リードカウント（featureCounts）