4.2 D vs C

4.2.1 変動遺伝子解析

D vs Cの変動遺伝子解析結果は下記からダウンロードできます。

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変動遺伝子解析結果	ダウンロード
正規化係数	ダウンロード

変動した遺伝子は1244個ありました。テーブルに変動した遺伝子を表示しています。

log2FoldChangeが正の場合D > Cを、負の場合D < Cを表しています。

4.2.2 MA plot

MA plot内の赤色は有意に増加した遺伝子（858個）、青は減少した遺伝子（386個）、灰色は変動なしの遺伝子（24760個）を表しています。

ラベルはP value 20位以内の遺伝子名です。

4.2.3 Volcano plot

Volcano Plot内の赤色は、Adjusted P value <= 0.05, log2 Fold Changeの絶対値 >= 1を満たす有意に変動した遺伝子（1244個）です。

緑色はlog2 Fold Change >= 1のみを満たす遺伝子（7012個）です。

青色はAdjusted P value <= 0.05のみを満たす遺伝子（2213個）です。

灰色は両方を満たしていない遺伝子（15535個）です。

4.2.4 クラスタリング解析

D vs C の群間比較において有意に変動した遺伝子を使用したヒートマップです。

ヒートマップの色はTPM正規化データから算出したZ scoreです。

プロット右のラベルはP value 20位以内の遺伝子名です

4.2.5 GO 解析

4.2.5.1 Group D > Group C (Upregulated)

4.2.5.1.1 Biological Process

有意にUpregulateした遺伝子でエンリッチされたBiological ProcessのGO termは121個ありました。
GO解析結果ダウンロード
Adjusted P value 上位20位以内の Biological Process に関するGO termについてプロットしています。
棒グラフの色はOdds比です。

4.2.5.1.1.1 Category Netplot

遺伝子とGO termのネットワーク図です。
有意にエンリッチされたGO termとそのGO term内の変動遺伝子をプロットしています。

4.2.5.1.1.2 Hierarchical plot

Biological Process の階層プロットです。
Adjusted P value 上位10位以内の Biological Process に関するGO termについてプロットしています。

4.2.5.1.2 Cellular Component

有意にUpregulateした遺伝子でエンリッチされたCellular ComponentのGO termは14個ありました。
GO解析結果ダウンロード
Adjusted P value 上位20位以内の Cellular Component に関するGO termについてプロットしています。
棒グラフの色はOdds比です。

4.2.5.1.2.1 Category Netplot

遺伝子とGO termのネットワーク図です。
有意にエンリッチされたGO termとそのGO term内の変動遺伝子をプロットしています。

4.2.5.1.2.2 Hierarchical plot

Cellular Component の階層プロットです。
Adjusted P value 上位10位以内の Cellular Component に関するGO termについてプロットしています。

4.2.5.1.3 Molecular Function

有意にUpregulateした遺伝子でエンリッチされたMolecular FunctionのGO termは5個ありました。
GO解析結果ダウンロード
Adjusted P value 上位20位以内の Molecular Function に関するGO termについてプロットしています。
棒グラフの色はOdds比です。

4.2.5.1.3.1 Category Netplot

遺伝子とGO termのネットワーク図です。
有意にエンリッチされたGO termとそのGO term内の変動遺伝子をプロットしています。

4.2.5.1.3.2 Hierarchical plot

Molecular Function の階層プロットです。
Adjusted P value 上位10位以内の Molecular Function に関するGO termについてプロットしています。

4.2.5.2 Group D < Group C (Downregulated)

4.2.5.2.1 Biological Process

有意にDownregulateした遺伝子でエンリッチされたBiological ProcessのGO termは144個ありました。
GO解析結果ダウンロード
Adjusted P value 上位20位以内の Biological Process に関するGO termについてプロットしています。
棒グラフの色はOdds比です。

4.2.5.2.1.1 Category Netplot

遺伝子とGO termのネットワーク図です。
有意にエンリッチされたGO termとそのGO term内の変動遺伝子をプロットしています。

4.2.5.2.1.2 Hierarchical plot

Biological Process の階層プロットです。
Adjusted P value 上位10位以内の Biological Process に関するGO termについてプロットしています。

4.2.5.2.2 Cellular Component

有意にDownregulateした遺伝子でエンリッチされたCellular ComponentのGO termは9個ありました。
GO解析結果ダウンロード
Adjusted P value 上位20位以内の Cellular Component に関するGO termについてプロットしています。
棒グラフの色はOdds比です。

4.2.5.2.2.1 Category Netplot

遺伝子とGO termのネットワーク図です。
有意にエンリッチされたGO termとそのGO term内の変動遺伝子をプロットしています。

4.2.5.2.2.2 Hierarchical plot

Cellular Component の階層プロットです。
Adjusted P value 上位10位以内の Cellular Component に関するGO termについてプロットしています。

4.2.5.2.3 Molecular Function

有意にDownregulateした遺伝子でエンリッチされたMolecular FunctionのGO termは7個ありました。
GO解析結果ダウンロード
Adjusted P value 上位20位以内の Molecular Function に関するGO termについてプロットしています。
棒グラフの色はOdds比です。