微生物ゲノム解析サービス
bitBiomeは、微生物ゲノム解析におけるあらゆるニーズに対応可能です。
２．ショットガンメタゲノム解析 ：微生物叢全体の組成/機能を解析
３．バイオインフォマティクス解析：バイオインフォマティクスチームがあらゆる微生物ゲノム解析に対応
シングルセルゲノム解析
微生物シングルセルゲノム解析の特徴
- 多数の未培養微生物 のゲノムを一挙に獲得（ 384細胞～）
- コンタミネーションのない高品質なゲノム配列を希少な細胞からも取得
- 菌株レベルの高解像度な比較ゲノム解析を実現
サービス概要
bit-MAP®のご利用に必要なのは、サンプルの準備のみです。基本メニューでは、アセンブルされたシングルセル由来のドラフトゲノムと微生物系統や品質等を評価したレポートが提供されます。
また、ご研究のニーズに応じて、増幅DNAの提供から高度なバイオインフォマティクス解析まで、幅広く対応しています。
解析結果イメージ
詳しくは、下記レポートを御覧ください。
料金・納期
ご希望のメニューをご選択頂けます。納期、単価は下表をご参照下さい。
| 基本メニュー | 納品物 | 発注可能 単位 |
標準納期 | 単価 (税抜) サンプルあたり |
|---|---|---|---|---|
| シングルセルゲノム解析 (標準) 384 well plate, 1 wellに1 cell |
解析レポート・ シーケンスデータ |
1サンプル | 6週間 | |
| シングルセルゲノム解析 (短期) 384 well plate, 1 wellに1 cell |
解析レポート・ シーケンスデータ |
1サンプル | 3-4週間 |
シングルセルゲノム解析では、1 plate (384 well) で複数サンプルを解析することも可能です。その際、 2サンプル (192 wellずつ ) の場合は上記単価の1.5倍、4サンプル (96 wellずつ）の場合は上記単価の2倍でお受けいたします。
MGI社DNBSEQでシーケンスします。illumina社のシーケンサーで実施する場合は1 plate (384 well) につき1,000,000円でお受けいたします。
オプション解析
ご要望に合わせて幅広い解析オプションを準備しております。納期は発注数によって変動する可能性がございます。
| オプションメニュー | 概要 | 納品物 | 発注可能 単位 |
単価 (税抜) |
|---|---|---|---|---|
| オプション 基本料金 |
オプション解析を1項目以上実施する際に 発生する基本料金 |
– | 1発注 | |
| ccSAG解析※1 | 同一株のSAGを統合し、 冗長性のないドラフトゲノムを作成 ・同一株の同定 ・キメラリード除去 ・アセンブル ・ドラフトゲノム品質評価 ・生物種推定 ・遺伝子推定 |
・解析レポート ・ドラフトゲノム配列 ・遺伝子塩基配列 ・遺伝子アミノ酸配列 ・遺伝子一覧表 |
1サンプル | |
| 系統樹解析 | ・複数のゲノム配列の系統関係の推定 | ・系統樹図 | 1サンプル (384SAG) | |
| 生合成遺伝子 クラスター解析 |
・生合成遺伝子クラスターのアノテーション | ・アノテーション結果一覧表 | 1サンプル (384SAG) | |
| 抗生物質耐性 遺伝子解析 |
・抗生物質耐性遺伝子のアノテーション | ・アノテーション結果一覧表 | 1サンプル (384SAG) | |
| SAG-MAG 統合解析※2 |
シングルセルゲノムとメタゲノムを統合し、 より高品質なドラフトゲノムを構築 ・統合解析 ・ドラフトゲノム品質評価 ・生物種推定 ・遺伝子推定 |
・解析レポート ・ドラフトゲノム配列 ・遺伝子塩基配列 ・遺伝子アミノ酸配列 ・遺伝子一覧表 |
1サンプル |
- ※1同株由来と推定されるシングルセルゲノム (Single-cell Amplified Genome(SAG)) を統合し、より高品質のドラフトゲノムを構築します。本手法 ccSAG (Cleaning and Co-assembly of SAG) の詳細は Kogawa et al., 2018 にて報告されています。
- ※2SAG-MAG統合解析は、お客様が発注し弊社で実施したショットガンメタゲノム解析データとの統合の他に、お客様が既にお持ちのショットガンメタゲノムデータからも承ります。ご希望の際は、お問い合わせください。MAG(Metagenome Assembled Genome:メタゲノムビニング（メタゲノム解析を応用した計算的アプローチで多数の遺伝子断片配列の集合から個別の微生物ゲノムを分別する手法）によって取得されたドラフトゲノム) 。
サンプル受け入れ事例
シングルセルゲノム解析のサンプル実績例です。その他条件でも可能な場合もございます。 まずはお問い合わせ下さい。
| サンプル | 推奨サンプル量 | 保管条件 |
|---|---|---|
| ヒト糞便 | ≥300 mg | 凍結糞便、各社メタゲノム解析用保存液懸濁便（冷凍、冷蔵、常温） |
| ヒト唾液 | ≥1 mL | 市販キット（常温）、冷蔵、各社メタゲノム解析用保存液懸濁唾液 |
| 土壌 | ≥20 g | 冷蔵 |
| 細胞懸濁液 | ≥100 uL 濃度：≥14,000 cells/uL) |
冷凍、冷蔵（懸濁溶液に合わせて選択） |
サービスについての
お問い合わせ・お見積もりなど、
お気軽にご連絡ください。
ショットガンメタゲノム解析
ショットガンメタゲノム解析の特徴
- 未培養微生物を含む包括的なゲノム情報を取得
- 微生物系統・機能遺伝子の推定
- 同種・同属微生物の代表ゲノムの構築
ショットガンメタゲノム解析のワークフロー
ショットガンメタゲノム解析では、DNA抽出しシーケンスした生リードを提供致します。バイオフォマティクス解析では、解析メニューに応じて、生リードから解析結果を提供致します。
料金・納期
納期、単価は下表をご参照下さい。ご注文の解析プランに応じた納品物を送付いたします。
既にお客が抽出されたDNAからの解析も承ります。ご希望の際はお問い合わせ下さい。
| 基本メニュー | 納品物 | 発注可能 単位 |
標準納期 | 単価 (税抜) 1サンプルあたり |
|---|---|---|---|---|
| ショットガンメタゲノム解析 (標準) データ量 : 5GB |
シーケンスデータ | 1サンプル | 6週間 | |
| ショットガンメタゲノム解析 (短期) データ量 : 5GB |
シーケンスデータ | 1サンプル | 3-4週間 |
オプション解析
ご要望に合わせて幅広い解析オプションを準備しております。納期は発注数によって変動する可能性がございます。
| 解析メニュー | 概要 | 納品物 | 発注可能 単位 |
単価 (税抜) |
|---|---|---|---|---|
| オプション 基本料金 |
オプション解析を1 項目以上実施する際 | ― | 1発注 | |
| メタゲノム解析 （菌叢プロファイリング等） |
メタゲノムの全容解析 ・アセンブル ・遺伝子推定 ・細菌叢プロファイル推定 |
・アセンブル塩基配列 ・遺伝子塩基配列 ・遺伝子アミノ酸配列 ・遺伝子一覧表 ・細菌叢プロファイル |
1サンプル※3 | |
| MAG解析※1 | メタゲノムアセンブル塩基配列を分別して、 ドラフトゲノム配列を構築 ・アセンブル ・配列断片のビニング ・ドラフトゲノム品質評価 ・微生物系統解析 ・遺伝子推定 |
・ドラフトゲノム配列 ・遺伝子塩基配列 ・遺伝子アミノ酸配列 ・遺伝子一覧表 |
1サンプル※3 | |
| 生合成遺伝子 クラスター解析 |
生合成遺伝子クラスターのアノテーション | ・アノテーション結果一覧表 | 1サンプル※3 | |
| 抗生物質耐性 遺伝子解析 |
抗生物質耐性遺伝子のアノテーション | ・アノテーション結果一覧表 | 1サンプル※3 | |
| SAG-MAG 統合解析※2 |
SAGとメタゲノムを統合し、 高品質なドラフトゲノムを構築 ・統合解析 ・ドラフトゲノム品質評価 ・微生物系統解析 ・遺伝子推定 |
・解析レポート ・ドラフトゲノム配列 ・遺伝子塩基配列 ・遺伝子アミノ酸配列 ・遺伝子一覧表 |
1サンプル |
- ※1メタゲノムビニング（メタゲノム解析を応用した計算的アプローチで多数の遺伝子断片配列の集合から個別の微生物ゲノムを分別する手法）によって、ドラフトゲノム（ Metagenome Assembled Genome (MAG)）を取得します。
- ※2SAG-MAG 統合解析は、お客様が発注し弊社で実施したショットガンメタゲノム解析データとの統合の他に、お客様が既にお持ちのショットガンメタゲノムデータからも承ります。ご希望の際は、お問い合わせください。 SAG( Single-cell Amplified Genome: シングルセル由来のドラフトゲノム)。
- ※3 1~8サンプルまでは、一律 100,000 円にて承ります。9サンプル目からは、1サンプルごとに追加料金を頂きます。
サンプル受け入れ事例
ショットガンメタゲノム解析のサンプル実績例です。 その他条件でも可能な場合もございます。まずはお問い合わせください。
既にお客が抽出されたDNAからの解析も承ります。
| サンプル | 推奨サンプル量 | 保管条件 |
|---|---|---|
| ヒト糞便 | ≥300 mg | 凍結糞便、各社メタゲノム解析用保存液懸濁便（冷凍、冷蔵、常温） |
| ヒト唾液 | ≥1 mL | 市販キット（常温）、冷蔵各社メタゲノム解析用保存液懸濁唾液 |
| 土壌 | ≥20 g | 冷蔵・冷凍 |
| 細胞懸濁液 | ≥100 uL 濃度：≥14,000 cells/uL) |
冷凍、冷蔵（懸濁溶液に合わせて選択） |
送付時のご注意点
- 詳細な発送方法については、ご発注頂いた後にご案内いたします。
- サンプル容器にサンプル送付シートに記載したものと同一のサンプルIDを、はっきりとご記載のラベル貼り付けをお願いします。
- 土日の到着及び土日を跨ぐような発送（例：金曜日発送、月曜日着）は避けて頂くようご協力お願い申し上げます。
- サンプルの各送付条件について
- 常温品：常温またはクール便利用での送付をお願いいたします。配送中温度の影響が懸念される際はクール便をご利用ください。
- 冷蔵品：冷蔵便（クール便）での送付をお願い致します。
- 冷凍品：ドライアイス詰めなど送付中の融解が生じないよう梱包頂いた上で、冷凍便での送付をお願いいたします。
サービスについての
お問い合わせ・お見積もりなど、
お気軽にご連絡ください。
バイオインフォマティクス解析
バイオインフォマティクス解析の特徴
- 微生物ゲノムの各種解析を提供
- シングルセルゲノムに特化した独自技術ccSAGによって、ゲノム情報を高品質化
- シングルセルゲノムとメタゲノムデータの統合解析によって、より詳細な解析を実現
サービス概要
当社では、微生物ゲノムに特化したバイオインフォマティクス解析技術を保有しています。
シングルセルゲノム、ショットガンメタゲノムに加えて、それらを統合した解析サービスを提供しております。
シングルセルゲノム解析
- ccSAG解析
- 弊社独自のシングルセルゲノムデータに特化した解析手法で、SAGキメラ除去・同一株SAG統合により、ゲノム情報を高品質化します。さらに、得られたゲノム情報 (ccSAG) について､生物種推定及び遺伝子予測を行います。
- 系統樹解析
- 複数のゲノム配列の系統関係を推定します。
- 生合成遺伝子クラスター解析
- シングルセルゲノムコンティグからAntiSMASH（ソフトウェア）を用いて、生合成遺伝子クラスターを探索します。
- 抗生物質耐性遺伝子解析
- シングルセルゲノムコンティグからABRicate（ソフトウェア）などを用いて、抗生物質耐性遺伝子を探索します。
ショットガンメタゲノム解析
- メタゲノム解析
- 生リードのアッセンブル、細菌叢プロファイル推定、全遺伝子推定を行います。
- MAG解析
- 生リードのアッセンブル後、配列断片のビニング (ゲノムの再構築) を行い、MAG (Metagenome Assembled Genome) を構築します。さらに、MAGの生物種推定及び遺伝子予測を行います。
- 生合成遺伝子クラスター解析
- メタゲノムリードからAntiSMASH（ソフトウェア）を用いて、生合成遺伝子クラスターを探索します。
- 抗生物質耐性遺伝子解析
- メタゲノムリードからABRicate（ソフトウェア）などを用いて、抗生物質耐性遺伝子を探索します。
SAG-MAG統合解析
弊社が独自に解析したシングルセルゲノム解析結果とショットガンメタゲノム解析結果の統合解析手法を用いて、微生物ゲノム情報を高品質化します。さらに、得られたゲノム情報について、生物種推定及び遺伝子予測を行います 。
解析メニュー(オプション解析)・料金
ご要望に合わせて幅広い解析オプションを準備しております。
複数サンプルの場合は割引もございますので、お問い合わせ下さい。
シングルセルゲノム解析・ショットガンメタゲノム解析共通
| 解析メニュー | 概要 | 納品物 | 発注可能 単位 |
単価 (税抜) |
|---|---|---|---|---|
| オプション基本料金 | オプション解析を1項目以上実施する際に 発生する基本料金 |
– | 1発注 | |
| SAG-MAG 統合解析 |
シングルセルゲノムとメタゲノムを統合し、 より高品質なドラフトゲノムを構築 ・統合解析 ・ドラフトゲノム品質評価 ・生物種推定 ・遺伝子推定 |
・解析レポート ・ドラフトゲノム配列 ・遺伝子塩基配列 ・遺伝子アミノ酸配列 ・遺伝子一覧表 |
1サンプル |
シングルセルゲノム解析
| 解析メニュー | 概要 | 納品物 | 発注可能 単位 |
単価 (税抜) |
|---|---|---|---|---|
| ccSAG解析 | 同一株のSAGを統合し、 冗長性のないドラフトゲノムを作成 ・同一株の同定 ・キメラリード除去 ・アセンブル ・ドラフトゲノム品質評価 ・生物種推定 ・遺伝子推定 |
・解析レポート ・ドラフトゲノム配列 ・遺伝子塩基配列 ・遺伝子アミノ酸配列 ・遺伝子一覧表 |
1サンプル | |
| 系統樹解析 | ・複数のゲノム配列の系統関係の推定 | ・系統樹図 | 1サンプル | |
| 生合成遺伝子 クラスター解析 |
・生合成遺伝子クラスターのアノテーション | ・アノテーション結果一覧表 | 1サンプル | |
| 抗生物質耐性 遺伝子解析 |
・抗生物質耐性遺伝子のアノテーション | ・アノテーション結果一覧表 | 1サンプル |
ショットガンメタゲノム解析
| 解析メニュー | 概要 | 納品物 | 発注可能 単位 |
単価 (税抜) |
|---|---|---|---|---|
| メタゲノム解析 （菌叢プロファイリング等） |
メタゲノムの全容解析 ・アセンブル ・遺伝子推定 ・細菌叢プロファイル推定 |
・アセンブル塩基配列 ・遺伝子塩基配列 ・遺伝子アミノ酸配列 ・遺伝子一覧表 ・細菌叢プロファイル |
1サンプル | |
| MAG解析 | メタゲノムアセンブル塩基配列を分別して、 ドラフトゲノム配列を構築 ・アセンブル ・配列断片のビニング ・ドラフトゲノム品質評価 ・微生物系統解析 ・遺伝子推定 |
・ドラフトゲノム配列 ・遺伝子塩基配列 ・遺伝子アミノ酸配列 ・遺伝子一覧表 |
1サンプル | |
| 生合成遺伝子 クラスター解析 |
・生合成遺伝子クラスターのアノテーション | ・アノテーション結果一覧表 | 1サンプル | |
| 抗生物質耐性 遺伝子解析 |
・抗生物質耐性遺伝子のアノテーション | ・アノテーション結果一覧表 | 1サンプル |
サービスについての
お問い合わせ・お見積もりなど、
お気軽にご連絡ください。