bit-MAP®受託サービス
bit-MAP®受託サービス

微生物シングルセルゲノム解析 bit-MAP®

bit-MAP®は、未培養微生物の系統・機能解析に必要なゲノム情報を高品質に提供します。

  • サンプルから微生物を一つずつ分離、溶解し、ゲノムDNAをシングルセルごとに増幅
  • 高品質なゲノム増幅物のシーケンスからインフォマティクス解析まで、ドラフトゲノム構築と遺伝子推定

微生物シングルセルゲノム解析の特徴

  • 多数の未培養微生物 のゲノムを一挙に獲得( 384細胞~)
  • コンタミネーションのない高品質なゲノム配列を希少な細胞からも取得
  • 菌株レベルの高解像度な比較ゲノム解析を実現

SAG-gel法

サービス概要

bit-MAP®のご利用に必要なのは、サンプルの準備のみです。基本メニューでは、アセンブルされたシングルセル由来のドラフトゲノムと微生物系統や品質等を評価したレポートが提供されます。
また、ご研究のニーズに応じて、増幅DNAの提供から高度なバイオインフォマティクス解析まで、幅広く対応しています。

料金・納期

ご希望のメニューをご選択頂けます。納期、単価は下表をご参照下さい。ご注文の解析プランに応じた納品物を送付いたします。「シングルセルゲノム増幅産物」については、384ウェルプレートに格納した DNAサンプルを冷凍便で納品いたします。

基本メニュー 納品物 発注可能
単位
標準納期 単価 (税抜)
サンプルあたり
シングルセルゲノム解析 (標準)
384 well plate, 1 wellに1 cell
解析レポート・
シーケンスデータ
1サンプル 8-10週間 490,000円
シングルセルゲノム解析 (短期)
384 well plate, 1 wellに1 cell
解析レポート・
シーケンスデータ
1サンプル 3-4週間 660,000円
シングルセルゲノム増幅 シングルセルゲノム増幅物
(384 well plate)
1サンプル 3-4週間 280,000円

シングルセルゲノム解析では、1 plate (384 well) で複数サンプルを解析することも可能です。その際、 2サンプル (192 wellずつ ) の場合は上記単価の1.5倍、4サンプル (96 wellずつの場合は上記単価の2倍でお受けいたします(詳細はよくあるご質問まで)。

オプション解析

ご要望に合わせて幅広い解析オプションを準備しております。納期は発注数によって変動する可能性がございます。
詳しくは バイオインフォマティクス解析を御覧ください。

オプションメニュー 概要 納品物 発注可能
単位
単価
(税抜)
オプション
基本料金
オプション解析を1項目以上実施する際に
発生する基本料金
1発注 100,000円
ccSAG解析※1 同一株のSAGを統合し、
冗長性のないドラフトゲノムを作成
・同一株の同定
・キメラリード除去
・アセンブル
・ドラフトゲノム品質評価
・生物種推定
・遺伝子推定
・解析レポート
・ドラフトゲノム配列
・遺伝子塩基配列
・遺伝子アミノ酸配列
・遺伝子一覧表
1サンプル 100,000円
系統樹解析 ・複数のゲノム配列の系統関係の推定 ・系統樹図 1サンプル 100,000円
生合成遺伝子
クラスター解析
・生合成遺伝子クラスターのアノテーション ・アノテーション結果一覧表 1サンプル 100,000円
抗生物質耐性
遺伝子解析
・抗生物質耐性遺伝子のアノテーション ・アノテーション結果一覧表 1サンプル 100,000円
SAG-MAG
統合解析※2
シングルセルゲノムとメタゲノムを統合し、
より高品質なドラフトゲノムを構築
・統合解析
・ドラフトゲノム品質評価
・生物種推定
・遺伝子推定
・解析レポート
・ドラフトゲノム配列
・遺伝子塩基配列
・遺伝子アミノ酸配列
・遺伝子一覧表
1サンプル 100,000円
  • ※1同株由来と推定されるシングルセルゲノム (Single-cell Amplified Genome(SAG)) を統合し、より高品質のドラフトゲノムを構築します。本手法 ccSAG (Cleaning and Co-assembly of SAG) の詳細は Kogawa et al., 2018 にて報告されています。
  • ※2SAG-MAG統合解析は、お客様が発注し弊社で実施したショットガンメタゲノム解析データとの統合の他に、お客様が既にお持ちのショットガンメタゲノムデータからも承ります。ご希望の際は、お問い合わせください。MAG(Metagenome Assembled Genome:メタゲノムビニング(メタゲノム解析を応用した計算的アプローチで多数の遺伝子断片配列の集合から個別の微生物ゲノムを分別する手法)によって取得されたドラフトゲノム) 。

解析結果イメージ

詳しくは、こちらの解析レポート例 1 (腸内細菌)解析レポート例 2(土壌細菌)を御覧ください。

シーケンスデータの品質・サイズ

ドラフトゲノムの品質

生物種の系統・存在比

各ドラフトゲノムの詳細情報・近縁種推定

サンプル受け入れ事例

シングルセルゲノム解析のサンプル実績例です。その他条件でも可能な場合もございます。 まずはお問い合わせ下さい。
糞便、唾液、土壌、皮膚サンプルの詳細な条件はよくあるご質問にも記載しております。

サンプル 推奨サンプル量 保管条件
ヒト糞便 ≥300 mg 凍結糞便、各社メタゲノム解析用保存液懸濁便(冷凍、冷蔵、常温)
ヒト唾液 ≥1 mL 市販キット(常温)、冷蔵、各社メタゲノム解析用保存液懸濁唾液
土壌 ≥20 g 冷蔵
細胞懸濁液 ≥100 uL
濃度:≥14,000 cells/uL)
冷凍、冷蔵(懸濁溶液に合わせて選択)

送付時のご注意点

  • 詳細な発送方法については、ご発注頂いた後にご案内いたします。
  • サンプル容器にサンプル送付シートに記載したものと同一のサンプルIDを、はっきりとご記載のラベル貼り付けをお願いします。
  • 土日の到着及び土日を跨ぐような発送(例:金曜日発送、月曜日着)は避けて頂くようご協力お願い申し上げます。
  • サンプルの各送付条件について
    • 常温品:常温またはクール便利用での送付をお願いいたします。配送中温度の影響が懸念される際はクール便をご利用ください。
    • 冷蔵品:冷蔵便(クール便)での送付をお願い致します。
    • 冷凍品:ドライアイス詰めなど送付中の融解が生じないよう梱包頂いた上で、冷凍便での送付をお願いいたします。