bit-MAP®受託サービス
微生物群から抽出されたDNAをシーケンスし、群中に存在する遺伝子を同定することができます。
ショットガンメタゲノム解析の特徴
- 未培養微生物を含む包括的なゲノム情報を取得
- 微生物系統・機能遺伝子の推定
- 同種・同属微生物の代表ゲノムの構築
サービス概要
ショットガンメタゲノム解析のご利用に必要なのは、サンプルの準備のみです。基本メニューでは、サンプルよりDNAを抽出し、シーケンスライブラリー調製 を行い、次世代シーケンサーで解析したシーケンスデータが提供されます。
また、ご研究のニーズに応じて、サンプル処理から高度なバイオインフォマティクス解析まで、幅広く対応しています。
料金・納期
納期、単価は下表をご参照下さい。ご注文の解析プランに応じた納品物を送付いたします。
既にお客が抽出されたDNAからの解析も承ります。ご希望の際はお問い合わせ下さい。
| 基本メニュー | 納品物 | 発注可能 単位 |
標準納期 | 単価 (税抜) 1サンプルあたり |
|---|---|---|---|---|
| ショットガンメタゲノム解析 (標準) データ量 : 5GB |
シーケンスデータ | 8サンプル | 8-10週間 | 79,000円 |
| ショットガンメタゲノム解析 (短期) データ量 : 5GB |
シーケンスデータ | 8サンプル | 3-4週間 | 118,000円 |
オプション解析
ご要望に合わせて幅広い解析オプションを準備しております。納期は発注数によって変動する可能性がございます。
詳しくは バイオインフォマティクス解析を御覧ください。
| 解析メニュー | 概要 | 納品物 | 発注可能 単位 |
単価 (税抜) |
|---|---|---|---|---|
| オプション 基本料金 |
オプション解析を1 項目以上実施する際 | ― | 1発注 | 100,000円 |
| メタゲノム解析 （菌叢プロファイリング等） |
メタゲノムの全容解析 ・アセンブル ・遺伝子推定 ・細菌叢プロファイル推定 |
・アセンブル塩基配列 ・遺伝子塩基配列 ・遺伝子アミノ酸配列 ・遺伝子一覧表 ・細菌叢プロファイル |
８サンプル※3 | 100,000円 |
| MAG解析※1 | メタゲノムアセンブル塩基配列を分別して、 ドラフトゲノム配列を構築 ・アセンブル ・配列断片のビニング ・ドラフトゲノム品質評価 ・微生物系統解析 ・遺伝子推定 |
・ドラフトゲノム配列 ・遺伝子塩基配列 ・遺伝子アミノ酸配列 ・遺伝子一覧表 |
８サンプル※3 | 100,000円 |
| 生合成遺伝子 クラスター解析 |
生合成遺伝子クラスターのアノテーション | ・アノテーション結果一覧表 | ８サンプル※3 | 100,000円 |
| 抗生物質耐性 遺伝子解析 |
抗生物質耐性遺伝子のアノテーション | ・アノテーション結果一覧表 | ８サンプル※3 | 100,000円 |
| SAG-MAG 統合解析※2 |
SAGとメタゲノムを統合し、 高品質なドラフトゲノムを構築 ・統合解析 ・ドラフトゲノム品質評価 ・微生物系統解析 ・遺伝子推定 |
・解析レポート ・ドラフトゲノム配列 ・遺伝子塩基配列 ・遺伝子アミノ酸配列 ・遺伝子一覧表 |
1サンプル | 100,000円 |
- ※1メタゲノムビニング（メタゲノム解析を応用した計算的アプローチで多数の遺伝子断片配列の集合から個別の微生物ゲノムを分別する手法）によって、ドラフトゲノム（ Metagenome Assembled Genome (MAG)）を取得します。
- ※2SAG-MAG 統合解析は、お客様が発注し弊社で実施したショットガンメタゲノム解析データとの統合の他に、お客様が既にお持ちのショットガンメタゲノムデータからも承ります。ご希望の際は、お問い合わせください。 SAG( Single-cell Amplified Genome: シングルセル由来のドラフトゲノム)。
- ※3 1~8サンプルまでは、一律 100,000 円にて承ります。9サンプル目からは、1サンプルごとに追加料金を頂きます。
ショットガンメタゲノム解析のワークフロー
ショットガンメタゲノム解析では、DNA抽出しシーケンスした生リードを提供致します。バイオフォマティクス解析では、解析メニューに応じて、生リードから解析結果を提供致します。
サンプル受け入れ事例
ショットガンメタゲノム解析のサンプル実績例です。 その他条件でも可能な場合もございます。まずはお問い合わせください。
糞便、唾液、土壌、皮膚サンプルの詳細な条件はよくあるご質問にも記載しております。
既にお客が抽出されたDNAからの解析も承ります。
| サンプル | 推奨サンプル量 | 保管条件 |
|---|---|---|
| ヒト糞便 | ≥300 mg | 凍結糞便、各社メタゲノム解析用保存液懸濁便（冷凍、冷蔵、常温） |
| ヒト唾液 | ≥1 mL | 市販キット（常温）、冷蔵各社メタゲノム解析用保存液懸濁唾液 |
| 土壌 | ≥20 g | 冷蔵・冷凍 |
| 細胞・細胞外粒子 懸濁液 |
≥100 uL 濃度：≥14,000 cells/uL) |
冷凍、冷蔵（懸濁溶液に合わせて選択） |
送付時のご注意点
- 詳細な発送方法については、ご発注頂いた後にご案内いたします。
- サンプル容器にサンプル送付シートに記載したものと同一のサンプルIDを、はっきりとご記載のラベル貼り付けをお願いします。
- 土日の到着及び土日を跨ぐような発送（例：金曜日発送、月曜日着）は避けて頂くようご協力お願い申し上げます。
- サンプルの各送付条件について
- 常温品：常温またはクール便利用での送付をお願いいたします。配送中温度の影響が懸念される際はクール便をご利用ください。
- 冷蔵品：冷蔵便（クール便）での送付をお願い致します。
- 冷凍品：ドライアイス詰めなど送付中の融解が生じないよう梱包頂いた上で、冷凍便での送付をお願いいたします。